中国科学技术信息研究所11月26日发布的2009年中国科技论文统计结果显示，我院2009年在国内统计源期刊发表文章859篇，在全国医疗机构中排名第22位，较去年提高了5位；2009年国内论文被引用2606次，在全国医疗机构中排名第24位，较去年提高了1位；发表SCI论文数98篇，全国医疗机构排名32位，较去年提高了8位。

从2009年起，国家对科技论文的统计更注重文章质量，开始设立“表现不俗的中国论文”排名。“表现不俗的中国论文”为在每个学科领域内，按统计年度的论文被引用次数世界均值划一条线，高于均线的论文为“表现不俗的中国论文”，即论文发表后的影响超过其所在学科的一般水平。2009年我院荣获“表现不俗的中国论文”医疗机构排名22位，并颁发了荣誉证书（排名前30位单位颁发证书），成为首都医科大学附属医院系统唯一一家获此殊荣的医院，标志着我院在国内外发表论文的质量及被引用次数在国内的领先地位。